De bodem van het terrein is, door haar historische bedrijfsactiviteiten, ernstig verontreinigd. Meer bepaald ter hoogte van de vroegere petroleumactiviteiten is de bodem verontreinigd met minerale olie en aromaten. Een sanering van deze zone omvat het afgraven en reiniging van de verontreinigde gronden. De reiniging van de ontgraven gronden zal gebeuren door middel van biologische of fysico-chemische reiniging. 

Ter hoogte van het voormalige spoorwegemplacement is de bodem verontreinigde met zware metalen en PAK (Polycyclische Aromatische Koolwaterstoffen). Ook hier wordt als saneringstechniek voor ontgraving en on-site reiniging gekozen. In de mate van het mogelijke, alsook in functie van de geldende richtlijnen van de OVAM, zullen gereinigde gronden alsook licht verontreinigde gronden worden aangewend voor de ophoging van de site. Na de sanering van de grond wordt een frequente en periodieke controle van de grondwaterconcentraties voorzien. Op basis van de resultaten en de evaluatie van deze periodieke grondwatercontroles worden eventueel noodzakelijke aanvullende maatregelen ter sanering van het grondwater opgestart. Deze aanvullende maatregelen, alsook de volledige omschrijving van de saneringsmaatregelen zullen vervat worden in een bodemsaneringsproject. 

De sanering maakt zodoende onderdeel uit van de volledige herontwikkeling van de site. De sanering vergt geen technisch ingewikkelde saneringstechnieken, maar het betreft wel een zeer omvangrijke sanering. Onder meer om deze reden wordt de sanering in 2016-2017 uitgevoerd.